A demora excessiva na emissão de pareceres ou autorizações necessárias para a concretização de investimentos, a escassez de recursos humanos em vários beneficiários intermediários, a falta de regulamentação em alguns sectores, os atrasos nos pedidos de pagamento ou de alteração dos projetos (causados pela ineficácia das plataformas digitais), a não operacionalização do mecanismo do IVA, mas também o facto de alguns concursos terem ficado desertos, levando ao lançamento de novos procedimentos com preços base mais elevados, são os principais entraves à boa execução do PRR